El Centro Austral Biotech actualmente cuenta con infraestructura y equipamiento distribuido en 2 filiales, en dos regiones distintas.
La filial Santiago (Región metropolitana) cuenta con:
- Sala de Bioprocesos
- Área de microbiología
- Área de química analítica y supramolecular
- Área de biología molecular y bioquímica
- Área de operaciones unitarias (biopolímeros)
- Área de síntesis de nanopartículas (orgánicas e inorgánicas)
- Área de análisis proximales y bromatológicos de alimentos y muestras orgánicas
- Área de tecnología farmacéutica
La filial Máfil (Región de los Ríos) cuenta con:
- Área de microbiología
- Área de biología molecular
- Sala de cultivos celulares
- Área Fitoquímica y compuestos orgánicos
- Apiario experimental
- Cámara bioclimática (ensayos in vivo)